至于在水處理方面的氧化性殺菌滅藻劑和非氧化性殺菌滅藻劑有什么區別呢，(一)氧化性殺菌滅藻劑具有強烈氧化性，通過與細菌體內代謝酶發生氧化作用，而達到快速強力殺菌目的，如鹵素中的氯、溴以及溴、氯的化合物(次氯酸鈉、二氧化氯、氯化異氰尿酸、鹵化海因等)、臭氧、過氧化氫、過氧乙酸。殺菌滅藻方案可選用二氯異氰脲酸鈉和次氯酸鈉均屬于氧化性殺菌滅藻劑，殺滅青苔菌藻和粘泥表面及淺層的活性生物，并利用藥劑的殘留性繼續抑制菌藻類滋生復蘇；(二)非氧化性殺菌滅藻劑是以致毒劑的方式作用于微生物的特殊部位，從而破壞微生物的細胞或者生命部位而達到殺菌效果。目前我國應用于水處理系統中的非氧化性殺菌滅藻劑主要有氯酚類、醛類、季銨鹽類、季磷鹽類、異噻唑啉酮類等。由于后續生產使用循環水，要求循環水不能有太多泡沫。因此殺菌滅藻方案選用的非氧化性殺菌滅藻劑為異噻唑啉酮系列。